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想定がズレてなくて良かったです。
A と B の差分ですが、ファイルの中身まで比較するのはとても大変だと思います。
当方であれば、ファイルの更新日付で追加・更新を判断するかな、と考えました。
■（勝手な）仕様
1)バックアップは1回／日、夜間（はきっと非稼働時間と想定）
2)バックアップした際に、B へ年月日のフォルダを作って、その中に退避
3)週に1回（例えば日曜日）フルバックアップ（Aフォルダを丸ごとバックアップする
4)上記3)以外は差分バックアップ（A に追加と更新されたモノ）
5)削除は・・・どうしましょう？要件的には無視しても良いのかな、と思いました
→ SPO であればゴミ箱から復元できるので、当方であればそちらで教育していくかな、です。
※追加・更新されたモノの判定：A のライブラリから一覧で取得して、前日（今日―1日）よりも更新日時が新しいモノ
上記のような仕組みであれば、比較的シンプルですし、A と B の内容を比較して差分を考える必要もないかと思います。
エンドユーザーのミス等をフォローするための仕組みであれば「前日夜間に退避した状態であれば助けられるかも」でいかがでしょうか。
あと、バックアップされていく B 側のファイルが増えていくと思いますので、四半期に1回 過去分を消すなどが必要かもしれませんね。
により3年、 1ヶ月前に更新されました。
により3年、 1ヶ月前に更新されました。